SMP Suster bermula dari Sekolah Rakyat (SR) yang dibuka pada tahun 1913 oleh para suster SFIC. Beberapa tahun kemudian, tepatnya pada tanggal 1 Agustus 1934, Sekolah rakyat berganti menjadi "MULO". Para suster memberi identitas sekolah dengan nama Sint. Lucia. Pada saat itu, jumlah siswa yang ada sejumlah 8 orang (siswa pertama).
Pada tanggal 19 Desember 1938, sekolah MULO mendapat lisensi Disamakan. Artinya sekolah Sint. Lucia dinyatakan memiliki standar sama dengan sekolah yang dikelola oleh pemerintah. Pada tanggal 19 Desember 1941, kota Pontianak dibom oleh Jepang dan sekolah ini berhenti beroperasi. Jumlah siswa saat itu, kelas persiapan ada 17 siswa, kelas I ada 22 siswa, kelas II sejumlah 15 siswa, dan kelas III sejumlah 11 siswa. Saat itu sekolah dipimpin oleh P.C. Schram (Sr. Alberta) dan staf pengajar M.C. Groot (Sr. Arfa) dan H.J.C. Theuws (Sr. Helena)
Pada tanggal 1 Agustus 1947, sekolah MULO dibuka kembali dan bergabung dengan sekolah menengah. Nama sekolah berganti dengan nama Sekolah Menengah Putri. Satu tahun kemudian, tanggal 1 Agustus 1948, dibuka kelas I, khusus murid putri Bersubsidi (Peralihan MULO menjadi Sekolah Menengah Putri), dengan SK Pemerintah Daerah Istimewa Kalbar pada tanggal 15 November 1948 No : 399/A.P.Z. Bahasa pengantar adalah Bahasa Belanda.
Pada tanggal 1 Agustus 1950, SMP Putri Bersubsidi Pontianak menggunakan Bahasa Indonesia sebagai Bahasa Indonesia sebagai bahasa pengantar dalam proses belajar mengajar. Dua puluh tahun kemudian, awal tahun 1973, SMP Putri Bersubsidi Pontianak mulai menerima siswa putra. Sejak itu SMP Putri berganti nama menjadi SMP Suster.